Chiarimenti sul doppio nome

Buonasera, mio figlio nato nel 1992 ha due nomi divisi dalla virgola, a seguito del D.P.R. 396/2000, in qualità di genitori venimmo convocati dall’anagrafe del comune di residenza la quale ci invitava per disposizione di legge o ad eliminare il secondo nome o a togliere la virgola, noi optammo per togliere la virgola.
Quindi la conseguenza fu di dover cambiare il codice fiscale.
Oggi purtroppo mio figlio sta avendo un problema in quanto nel rinnovare la carta d’identità all’anagrafe risultano ancora i due nomi con la virgola, pertanto dal Ministero dell’Interno rilevano una incongruenza con il codice fiscale.
Chiedo cortesemente a Voi chiarimenti in merito.
Grazie
Cordiali saluti